运行机构是新疆克孜勒苏龙门吊实现水平方向物料搬运的机构，包括大车运行机构和小车运行机构两个层级。大车运行机构实现整台新疆克孜勒苏龙门吊沿地面轨道的纵向行走，小车运行机构实现起重小车沿主梁的横向行走。两种运行机构的协同工作，使新疆克孜勒苏龙门吊能够在二维平面内覆盖整个作业区域。运行机构主要由运行支撑装置与运行驱动装置两大部分组成。运行支撑装置用来承受新疆克孜勒苏龙门吊的自重和外载荷，并将所有载荷传递给轨道基础建筑。运行驱动装置提供行走动力，通常由电动机、新疆克孜勒苏附近减速器、新疆克孜勒苏同城制动器和车轮等组成。运行机构的性能直接影响新疆克孜勒苏龙门吊的作业效率和定位精度。